连载时间比较长的漫画作品，在设定上往往会有一些改动，很多初期的设定到后面有了翻天覆地的变化，像之前《海贼王》的早期设定里，索隆还是反派一边的，还有最开始尾田其实想把山治叫做“鸣人”，后来《火影》先连载，名字被占用了，尾田这才把山治的名字改成“山治”。其实这种情况在《火影忍者》中也是有很多，而且不少的初期设定还是比较奇葩的，岸本脑洞也是相当的大。
首先是主角先漩涡鸣人的早期设定，如果大家现在从漫画第一话开始回顾整个火影剧情，会发现许多前后不一的地方，比如鸣人和九尾的关系。在第一卷里，所有人跟鸣人说话，都是以“你就是九尾狐”为基础进行的，这跟“鸣人是九尾人柱力”的思路有本质区别。人柱力设定是第二部才出现的，在第一部里，没有任何人提到过九尾和守鹤是尾兽，以及人柱力的存在。后来人柱力设定出现后，这些设定被粉丝们普遍解释成“大家都知道鸣人是人柱力”，可这种解释在上面那些“你就是九尾！”的语境中实在太牵强了。
那么岸本到底为什么在一开始总是让配角们说“鸣人就是九尾狐”呢？其实在最早的设定里，鸣人就是九尾！只不过是九尾狐的人类形态而已。这是岸本画过的一本短篇漫画里的设定，《火影忍者》也是脱胎自这篇短篇漫画。
在公式书中，岸本亲自说出了这个设定，而且还给出了最初的鸣人变身九尾的图片。可以看到，变身后的九尾是戴着鸣人最早的风镜的。后来岸本在跟编辑沟通后，才把鸣人和九尾分解成两个角色，再往后才延伸出人柱力的设定。
另外，还有历代火影的设定也是和现在有着很大不同，而且其中的一个设定也是令人很难理解。第一代、第二代、第四代火影的最初设定是这样的，四代目看起来有点不太面善的感觉，而第三代火影，竟然是一条狗！感觉好像《死神》七番队队长啊。
在最初的设定中三代火影原本是二代火影养的狗，因为太厉害而被推举为第三代（突然觉的团藏真的会很郁闷）。对此岸本表示一条狗能成为火影会很有趣，不得不说，岸本有些时候的想象力还真是天马行空。
